Zotero plugin: auto-fetching number of citations from Google Scholar

Due to my study I have to read a lot of papers and, therefore, organize the bibliography in some way. The first software that I found for this purpose was EndNote. However, I don't like the idea of storing all data on a local drive, especially when you need to access the information for several computers. I started to look for something else and found a very nice and convenient tool called Zotero (http://www.zotero.org/). All data are stored on their server and you only need to install Zotero's extension for Firefox that will automatically synchronize with the server.

Everything is fine except absence of data about number of citations. Usually, you need to choose the most recent or the most cited papers. The first solution was just to find the number of citations in Google Scholar and enter it manually for each paper. Unsurprisingly, after a hundred of papers I found this solution inefficient. So I decided to develop a simple plugin for Zotero that will do all work for me :)

All you need is to install the plugin and add the field Call Number to the papers listing table. I chose this field because I don't use it and Zotero doesn't have any special field for the number of citations. Citations will be automatically fetched from Google Scholar for each new paper. For old papers it is possible to update this number, which is useful because it may change over time. You can update it for a particular paper, a collection or all papers at once. Here is an example of how it looks like:

Finally, here is the most important thing — the download link :)

https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/14667/

Read more →

Плагин для Zotero: выборка числа цитирований из Google Scholar

В настоящее время мне приходится читать много научных статей и, соответственно, нужно их как-то организовывать. Первая программа для управления библиографией, о которой я узнал была EndNote. Она довольно известная и популярная, но мне в ней сразу не понравилось, что все данные хрянятся локально. Получается, если мне нужно воспользоваться ей с другого компьютера, базу придётся копировать вручную. Ну и, естесственно, за бэкапами тоже нужно следить самостоятельно. Поэтому я решил поискать альтернативу и после недолгого поиска наткнулся на сервис Zotero (http://www.zotero.org/). Здесь подход более современный, данные хрянятся на сервере, а на локальный компьютер нужно только установить расширение к Firefox, которое будет автоматически синхронизироваться с сервером.

Всё бы замечательно, но мне очень не хватало информации о количестве цитирований статей. Чаще всего нужно одно из двух: или выбрать самые новые статьи, или самые цитируемые. Сначала я пошёл простым путём, выбрал незанятое (и вообще непонятное мне) поле Call Number и стал вручную вбивать туда число цитирований из Google Scholar. После первых ста статей мне почему-то показалось, что будет проблематично делать это на протяжении следующих трёх лёт. Поэтому я решил сделать простенький плагин для Zotero, который будет делать это за меня :)

Пользоваться им очень просто — нужно установить плагин и добавить поле Call Number в таблицу списка статей. Для всех новых статей число цитирований будет выбираться автоматически. Для старых — цитирования можно обновить, что полезно, так как число цитирования постоянно меняется. Можно выделить несколько статей, нажать правую кнопку мыши и выбрать Update citations. Можно сделать тоже самое для целых коллекций или вообще для всех статей разом. Результат выглядит вот так:

Ну и собственно самое главное :) Скачать можно отсюда:

https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/14667/

Read more →

Batch upload documents to Google Docs

Recently, I started to use Google Docs service quite often to work with documents and store full texts of papers in PDF. Unfortunately, it's not possible to upload multiple files at once using the web-interface. It might appear to be pretty tedious to upload a hundred documents in this way. But several days ago the ability to upload PDFs has been added to Google Data API. So I decided to make a simple Java tool to utilize this feature.

All you need is to provide path to a directory containing files to upload and your login / password for a Google account. It will recursively traverse subdirectories and upload all files. The following file formats are supported: csv, doc, docx, html, htm, ods, odt, pdf, ppt, pps, rtf, sxw, tsv, tab, txt, xls, xlsx. To use the application you need Java 1.6 or higher installed. If you don't have it, download here: http://java.sun.com/javase/6/.

There are several ways to use the program:

1. java -jar google-docs-upload.jar
   
   In this case you will be prompted to enter your login / password and path.
   
   
2. java -jar google-docs-upload.jar <path> --recursive
   
   You will be asked to enter login / password and directories will be traversed recursively.
   
   
3. java -jar google-docs-upload.jar <path> --username <username> --password <password>
   
   Here the upload will be started immediately, but the files will be taken only from root folder.

You can download the program and the source code here: http://code.google.com/p/google-docs-upload/

I hope it will be useful for somebody :)

Update: I've added the ability to replicate folder structure in Google Docs. Another feature is determination of document duplicates, which you can replace or skip.

Read more →

Пакетная загрузка документов в Google Docs

Последнее время я довольно активно пользуюсь сервисом Google Docs для работы с документами и хранения статей. Недавно возникла необходимость закачать туда около 130-ти PDF-файлов. К сожалению, через веб-интерфейс можно закачивать только по одному файлу за раз. Я прикинул время, которое это займёт и решил поискать альтернативный вариант :) Попробовал найти какую-нибудь программку, которая может загружать много файлов за раз, но наткнулся на факт, что Google Data API поддерживает пакетную загрузку всех форматов документов кроме PDF :) К счастью, через пару недель после этого поддержка PDF всё-таки была добавлена. Тем не менее, подходящую программу я так и не нашёл, поэтому, недолго думая, решил сделать свою по примеру из документации. Потратил на неё где-то час и ещё час на то, чтобы всё красиво оформить и выложить в Google Code. Давно хотел попробовать этот сервис и вот наконец подвернулась возможность :)

В итоге получилась маленькая утилитка, которой нужно только указать путь к директории, файлы из которой нужно закачать, и логин с паролем от аккаунта. Есть также опция рекурсивного обхода вложенных директорий. Поддерживаются следующие форматы файлов: csv, doc, docx, html, htm, ods, odt, pdf, ppt, pps, rtf, sxw, tsv, tab, txt, xls, xlsx. Для работы необходимо иметь установленную Java 1.6 или выше, скачать которую можно здесь: http://java.sun.com/javase/6/.

Есть несколько вариантов использования :

1. java -jar google-docs-upload.jar
   
   При этом логин, пароль и путь к директории будут запрошены для ввода с клавиатуры.
   
   
2. java -jar google-docs-upload.jar <path> --recursive
   
   При этом будут запрошены только логин и пароль, причём обход директорий будет рекурсивный.
   
   
3. java -jar google-docs-upload.jar <path> --username <username> --password <password>
   
   В данном случае загрузка начнётся сразу, будут загружены только те файлы, которые лежат в корне указанной директории.

Скачать программу, а также исходный код можно здесь: http://code.google.com/p/google-docs-upload/

Надеюсь, что кому-нибудь окажется полезным :)

Update: добавил возможность создания полной копии структуры папок, а также обнаружение уже загруженных файлов, которые можно заменить или пропустить.

Read more →

Первые дни в Мельбурне

Первые дни оказались самыми напряжёнными, не смотря на неоценимую помощь нашего австралийского друга Питера. Он помог нам забронировать номер в отеле ещё до приезда и первые три дня возил нас по городу и объяснял элементарные вещи, например, как пользоваться трамваями :)

У них тут интересная система, билетов нет, но есть специальные карточки. Причём тратятся они не по количеству поездок, а по времени. Например, самая дешёвая — 2-х часовая, это значит, что можно её пробить и следующие два часа ездить, и не обязательно в одном трамвае, можно пересесть на другой, а можно вообще пересесть на поезд :) Стоит кстати недёшево по нашим меркам — 3.70$, рублей 90... Но можно купить карточку на 10 поездок, тогда будет дешевле. Ещё есть 50-ти процентная скидка студентам, но к сожалению на international students скидка не распространяется. Также есть дневные билеты, недельные и месячные — типа наших проездных) Месячный стоит около сотни. Мельбурн разделён на две зоны, первая зона -- это часть вокруг центра, вторая — это практически окраины города, ехать до второй зоны около часа от центра. Сама по себе вторая зона тоже занимает большую площадь, так как там в основном уже просто спальные районы с частными домами с небольшими участками земли для коренных австралийцев, которым хочется покоя)

Наверное как и все мы думали, что с языком особых проблем не будет — в естественной среде быстро подтянется... Но в первое время был шок, не смотря на мои 7 баллов по IELTS, оказалось, что я практически не способен понимать, а уж тем более говорить с австралийцами) Особенно дело было плохо с другими иностранцами: китайцами, индусами и т.д. Не знаю что бы мы делали, если бы первые три дня Питер с нами не возился :)) Три дня мягкой практики английского значительно сгладили втекание в англоязычную среду) Тем не менее, у меня до сих пор не всё гладко с речью. Хотя понимать чужую речь уже стало гораздо проще, сыграло роль прослушивание лекций на английском. Для разговорной речи, как ни удивительно, нужно больше разговаривать, но так как 90% процентов времени мы говорим на русском с Ксюшей, качество нашей английской речи растёт не так быстро)

В первые дни, конечно, было очень много забот: помимо зачисления в универ, открытия банковского счёта и кучи самых простых бытовых вещей (типа покупки адаптера для электро розетки, который мы кстати купили только через несколько дней, когда телефоны уже сели :)), пытались решить наскоком проблему с жильём. Хотелось побыстрее найти что-то постоянное, потому что оставаться в отеле по 70$ в день долго нам не очень хотелось :)

У универа есть своя специальная база жилья для студентов, в которой каждый день добавляется несколько новых вариантов. Заранее найти комнату было невозможно, так как деньги отправлять непонятно кому не хотелось, а без этого никто не будет держать комнату до нашего приезда. Но так как вариантов в базе было предостаточно, мне не казалось проблемой по приезду выбрать один из них. Но в жизни всё оказалось не так радужно... Естественно, главной проблема была наша ограниченность в финансах. Первоначально мы планировали найти комнату где-нибудь за 150-200$ в неделю и искали в этом диапазоне. В эту цену попадает два типа жилья: rooming house (общежитие с комнатами, запирающимися на ключ) и share house (съём квартиры или дома на нескольких хозяев, соответственно, комнаты обычно не закрываются на ключ). Второй проблемой оказалось то, что нас двое... Чаще всего хозяева думают, что если нас двое, то мы должны снять две комнаты. Когда узнают, что мы хотим жить вдвоём в одной комнате, обычно отказывают, потому что рассчитывают жить с меньшим количеством людей в квартире / доме.

В итоге нам повезло, и где-то на третий день мы нашли временную комнату, сдающуюся на две недели по 150$ в неделю, причём очень близко к универу. Как обычно, хозяйка сказала, что жить с одним лишним человеком, да тем более ещё и с парой, — это слишком для неё... Однако, предложение двухсот баксов в неделю решило этот вопрос :) Это было очень удачно для нас, потому что наконец-то можно было расслабиться и не торопясь начать подбирать себе постоянный вариант.

Read more →

Дорога в Мельбурн

Итак, в прошлый раз мы остановились на том, что мы получили электронные визы, купили электронные билеты и сели на чемоданы в ожидании отъезда :) Первые острые ощущения нас ждали совсем недалеко, а именно, в нашем родном аэропорту Толмачёво. Чего и следовало ожидать, его сотрудники не знали о том, что для России выдают электронные австралийские визы... Пришлось довольно сильно понервничать, когда на регистрацию нас просто не пропустили, причём не давая особо возможности рассказать о существующих законах. В общем нам пришлось простоять полчаса за дверью, дождаться, когда все люди уже пройдут регистрацию и останется минут 10 до её закрытия. После этого нас всё-таки пропустили. Они пытались позвонить куда-то и узнать, но видимо ничего не вышло, потому что нас просто попросили написать гарантийное письмо о том, что в случае каких-либо проблем, мы сами оплатим все расходы по обратной дороге. Наверное это был самый напряжённый момент, было бы обидно после стольких усилий вернуться домой даже не сев в самолёт... Почему-то у меня было ощущение, что с китайцами нам будет проще объясниться, чем с нашими соотечественниками :) Приятной неожиданностью стало то, что наш багаж будет автоматически переноситься на пересадках, то есть не придётся два раза забирать его и сдавать заново (перелёт у нас был с двумя пересадками: 3 часа в Пекине и 8 часов в Гонконге). Поэтому мы спокойно вздохнули, сели в самолёт и полетели в китайскую столицу :)

Перелёт был недолгий, а так как мы вылетели в 23.30, то прилетели в Пекин уже где-то в 7 утра по местному времени. Аэропорт, конечно, не сравнить с Толмачёво — большой, красивый, чистый и людей почти никого кроме нас :)

Тем не менее и тут нас ждала неожиданность. До сих пор точно не знаю чей это был косяк, но почему-то наши чемоданы полетели не тем рейсом, которым мы... То есть номера рейсов в билетах и в багажном талоне не совпадали. Кроме этого нам пришлось снова объяснять ситуацию с электронной визой, но как ни странно жующий в пять утра яблоко китаец всё быстро понял, сделал несколько звонков и довольно быстро решил все вопросы — нас пересадили на рейс, которым должен был лететь наш багаж (то есть видимо ошибка была всё-таки в самих билетах). Но это было ещё не всё, на регистрации нам хотели уже было дать посадочные талоны и на рейс из Пекина в Гонконг, и из Гонконга в Мельбурн, но по какой-то причине не смогли проверить нашу визу. Попытались разобраться, звонили куда-то, но времени до вылета уже не оставалось, как обычно все кроме нас уже прошли регистрацию... Нас всё-таки пустили на посадку, правда билеты из Гонконга в Мельбурн не дали, но сказали, что там уже знают о нашей ситуации. Самолёт уже собирался взлетать, один шлюз уже был закрыт, и мы чуть ли не на ходу заскочили в оставшийся :)

Интересно, что не смотря на то, что самолёт был более старый, чем S7-а (тот был А320), он был более комфортный, и в нём были такие вещи, как телевизоры, а также одноразовые наушники каждому пассажиру, которые можно воткнуть в разъём, и слушать один из примерно 20-ти музыкальных каналов или собственно звук от телевизора. Этот перелёт был ещё короче, и буквально через пару часов мы уже шли на посадку, наблюдая голубое небо и проплывающие мимо корабли...




Гонконгский аэропорт тоже оказался очень большим, с огромным количеством людей всевозможных национальностей, которые только можно себе представить :) Ждать нам здесь нужно было 8 часов, поэтому мы успели выпить кофе и посмотреть гонконгские доллары... Да-да, несмотря на то, что Гонконг — это часть Китая, у них своя валюта :)




Нашли большую каплю:




Узнали, что отсюда нельзя вывозить шкурки ящериц, ракушки, кошельки из крокодиловое кожи и больших черепах :)




Поглядели в окно:




И пошли к нашему гейту...




Вот он, долгожданный пункт назначения!




Радость скрыть было невозможно :))




Ожидая очереди к регистрации мы уже мысленно снова подготавливали речь про визу, но на удивление, у нас даже ничего не спросили! Молодцы китайские ребята :) Этот самолёт был лучшим. У нас были не только личные дисплеи с возможностью выбора из большого каталога музыки, игр или фильмов, но ещё и одноразовые носки, подушки, одеяла и зубные щётки с пастой :)




Волнения уже практически не было, поэтому не смотря на то, что перелёт был довольно длительным, он прошёл легко. Мы развлекали себя играми, музыкой, попыткой просмотра фильма на английском и в итоге сном :) Проснулись мы уже перед приземлением, Австралия встретила нас прекрасным рассветом...




После приземления абсолютно никаких проблем не было, забрали багаж, поставили какой-то штамп в паспорт и всё. Первое, что я почувствовал пройдя таможню — это очень комфортную атмосферу... И это, заметьте, в аэропорту! :) Наконец-то можно было расслабиться... Как же приятно было слышать английскую речь после суток китайской! В этот момент я уже был уверен, что всё будет отлично, дверь в новую жизнь ждала нас...

Read more →

Переезд в Австралию: как всё начиналось

Вот, наконец, после полутора месяцев я собрался написать о том, как мы попали в Австралию :)

Началось всё далёкой осенью 2007-го года, когда мой друг и бывший одноклассник Паша уехал во Францию учиться в аспирантуре. После этого события я понял две вещи: первое, что это реально, и второе, что я тоже хочу попробовать :) Потихоньку я начал искать в интернете информацию об учёбе за границей и в частности университеты, где занимаются интересной мне тематикой (распределённые и Grid-системы). В один прекрасный момент, когда я искал статьи по своей магистерской, случайно наткнулся на сайт GRIDS Lab (http://gridbus.org/) — The Grid Computing and Distributed Systems (GRIDS) Laboratory университета Мельбурна. Оказалось, что они как раз занимаются моей темой, я даже использовал некоторые их статьи в своей магистерской :) Также оказалось, что они принимают аспирантов из других стран.

Прошло несколько месяцев, в марте мы (с моей девушкой Ксюшей) начали ходить на курсы английского, а где-то в апреле 2008-го года я отправил первое письмо с моим CV. На CV тоже ушло прилично времени, потому что я делал это первый раз, нужно было разобраться какой-то формат правильный и что вообще туда писать :) Хорошо, что были примеры, а также люди, которые помогли мне исправить ошибки, так как английский мой был далёк от идеала :) Через два дня я получил ответ от зав. лабораторией (Rajkumar Buyya, который сейчас является моим научным руководителем) с просьбой прислать research proposal (план исследования) и советом как можно быстрее сдать IELTS (международный экзамен по английскому).

Естественно, я не знал какая у меня может быть тема и соответственно не мог написать план исследования по ней. Поэтому я написал короткий и довольно общий текст просто о том, что мне интересно и чем бы я хотел заниматься. На что получил ответ, что я должен написать более формальный research proposal. Это немного озадачило меня, но раз надо, значит надо. Было довольно напряжённо так как май уже начался, а в июне уже должна была быть защита магистерской, но я потратил где-то неделю на чтения различных статей и анализа. В результате выдал 4 страницы текста. Я, конечно, очень волновался отправляя его и ждал каких-то комментариев, но получил короткий ответ: "The proposal is fine".

Следующим шагом было сдать IELTS, что тоже оказалось непросто, так как на регулярной основе его принимают только в Москве, а в Новосибирске это случается только время от времени. К счастью следующая сдача была в июле, что как раз подходило по времени. Я сдал экзамен, все материалы отправлялись на проверку в Австралию, поэтому результаты должны были прийти только через месяц. Надеясь на лучшее мы начали готовить документы для официальной подачи в университет. Пришлось потратить много времени, денег и нервов, так как каждую бумажку нужно переводить и заверять. Попарившись вдоволь, потому что во всём приходилось разбираться самим, мы всё благополучно закончили к концу августа. Пришли результаты IELTS, на удивление я набрал даже больше, чем ожидал — 7 баллов, что подходило под требования. В конце августа мы отправили все документы DHL-ем и стали ждать результатов :)

К сожалению первые результаты были неутешительные... При подачи документов нужно оплачивать комиссию 100$, что можно сделать по их правилам только или чеком, или кредитной картой. Чеков таких в России не делают, пришлось попробовать кредитной картой, но почему-то они не смогли снять с нашей карты деньги. Самое неприятное, что уведомление об этом мы получили только через две недели письмом по обычной почте (обычно они отправляют копию по e-mail, но в этот раз они почему-то этого не сделали...). Хорошо, что у нас есть знакомые в Австралии, он помог нам оплатить эту комиссию. Но это было ещё не все... :)

Удостоверившись, что все документы получены и всё нормально, мы расслабились и стали ждать результатов. Но не тут-то было, оказалось, что нужно ещё пройти телефонное интервью. Это было неожиданностью для меня, тем более, что на курсы я ходить уже перестал, а без практики навыки английского быстро пропадают. Плюс к тому, были проблемы с телефоном. Первый раз, я дал им номер сотового, но по неизвестной причине, они не смогли на него дозвониться. Это было очень неприятно, но к счастью они назначили второй звонок. В этот раз я уже дал домашний телефон, взял отпуск на работе на один день и стал ждать звонка :) Я ужасно волновался, но примерно спланировал какие могут быть вопросы и что я буду на них отвечать. Это очень помогло, так как во время звонка, я понимал только часть речи. Иногда всего несколько слов из предложения, старался объединить их, чтобы поймать смысл, и начинал просто говорить что-нибудь на эту тему :) Интервью длилось около 30-ти минут, сначала были общие вопросы, о моей предыдущей работе, о том, чем я планирую заниматься. Потом было несколько технических вопросов, несложных, поэтому к счастью я смог что-то ответить сходу.

Через 10 дней (где-то в середине октября) я получил письмо о том, что меня приняли в университет :) Следующим этапом был конкурс на стипендии, но тут уже всё было автоматически и нужно было просто ждать. Первая радостная весть пришла в декабре. Мой будущий руководитель написал коротенькое письмо (в его стиле) о том, что скоро будут результаты конкурса стипендий, но от на 100% уверен, что я получу полную стипендию :) Это было очень приятно, но полностью расслабиться я не мог, так как хотел получить официальный ответ. И примерно через две недели я его получил :)

Итак, я получил две стипендии: Melbourne International Research Scholarships (MIRS), которая выдаётся на руки, и Endeavour International Postgraduate Research Scholarships (IPRS), которая покрывает плату за обучение.

Осталось совсем немного — получить визы. Но здесь тоже не всё было просто, так как мы с Ксюшей официально не женаты, чтобы получить визы на двоих пришлось доказывать наши de facto relationship. А это опять бумажки, переводы, заверение... Но нам не привыкать, всё собрали. Другая проблема — посольство Австралии есть только в Москве. Но я вычитал, что если получаешь студенческую визу для postgraduate studies (магистратура или аспирантура), возможно получить электронную визу, заполнив специальную форму на сайте иммиграционной службы в Австралии. Будучи не уверенным, я написал письмо с вопросом об этом в московское посольство, на что получил ответ, что граждане России не умеют права получать электронные визы. Сверив все данные и удостоверившись, что всё правильно, отправил письмо с этим же вопросом в Австралию и одновременно второе письмо в посольство в Москве с указанием конкретных мест, где написано об этом правиле. Через некоторое время получил подтверждение из Австралии, что в моём случае я всё-таки могу получить электронную визу. А ещё через несколько дней письмо из Москвы с извинениями :) В общем в конце декабря 2008-го заполнили форму на сайте, отсканировали все документы, оплатили комиссию кредиткой (в этот раз всё прошло нормально) и опять стали ждать.

Следующим этапом был мед. осмотр. Как оказалось, в России такой мед. осмотр могут проводить только 6 сертифицированных врачей. Опять же нам повезло и один из них оказался в Новосибирске :) Особых проблем тут не было, назначили время, заплатили деньги, сдали пару анализов и всё. Результаты он отправлял в Австралию сам, почему-то обычной почтой. По прикидкам результаты должны были дойти числа 25-го января.

Сложный момент оказался с билетами на самолёт, цены разнятся от 30-ти до 70-ти т. р. Естественно дешевле покупать заранее, но проблема в том, что мы не знали точно когда будет вынесено решение по визе. Пришлось рискнуть и купить билеты на 24-го февраля. Причём забронировать их тоже были непросто, заняло примерно неделю времени, но в итоги мы купили их всего по 28 т.р.

И вот, примерно после года подготовки, 3-го февраля мы получили подтверждение визы! Радости было полные штаны, если не сказать больше :)) Оставалось только собрать вещи и уволиться с работы :)

О наших приключениях в дороге, об острых ощущениях, которые даёт тебе электронная виза и наших первых впечатлениях об Австралии и Мельбурне читайте в следующих постах. Постараюсь не затягивать с ними настолько, насколько с первым :))

Read more →